会社ごと売るか、事業だけ売るか ── 税率20.315%とアカウント承継で決まる選び方

「株式譲渡と事業譲渡、どちらが得ですか」。EC事業の売却相談で、価格の次に多い質問です。

答えは「税金の比較から入ると選び直しになります」。EC事業では、モールアカウント・広告アカウント・ドメインが買い手へ移せるかどうかで、選べる形が先に決まります。手取りの比較はその後の作業です。

この記事の結論は次の4つです。

• 株式譲渡は包括承継。会社という器ごと持ち主が変わるため、契約・雇用・許認可・アカウントは手続きなしで動きます。借入と簿外の義務も同じ器に入ったまま移ります
• 事業譲渡は個別承継。負債を売り手の会社に残せる代わりに、契約・雇用・アカウントは一件ずつ同意を取り直します
• 課税される相手が違う。株式譲渡は株主個人に20.315%の申告分離課税。事業譲渡は会社に法人税がかかり、株主の手元に届けるには配当か退職金という2段目が要ります
• EC事業では、アカウントの承継可否が形を決める。確認の順番を逆にすると、税務の試算からやり直しになります

2つの形は「何が自動で動くか」が違う

株式譲渡は会社の持ち主が変わる形、事業譲渡は資産を選んで渡す形です。この一点から、手続き・負債・アカウントの扱いがすべて分かれます。

株式譲渡では、株主が持つ株式を買い手へ売ります。会社という器は動きません。器の中にある契約・雇用・許認可・アカウントは名義が変わらないため、移転の手続きが発生しません。

事業譲渡では、会社は売り手に残ります。買い手へ渡すのはEC事業を構成する資産の集合です。何を渡すかは契約書に一件ずつ書き出します。書かなかったものは移りません。

表の下から4行が、EC事業でだけ起きる分かれ目です。製造業や飲食業の記事にはこの行がありません。EC事業の価値は、法人格に紐づいたアカウントの上に乗っているためです。

EC事業で最初に確かめること ── アカウントと名義

確認の順番はアカウントが先、税金が後です。移せないアカウントが1つあれば、その時点で選べる形は片方に絞られます。

事業譲渡でアカウントを移す方法は3つあります。プラットフォームの承継手続きを使う、運営会社の名義を変更する、買い手が新規に開設する。どれを取れるかはプラットフォームの規約で決まり、規約は改定されます。売却を決めた時点の規約を、そのつど確認します。

確認する対象は次の5つです。

1. モールアカウント。楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピングの出店者アカウント。承継の手続きと審査の有無、必要書類、審査にかかる期間
2. 広告アカウント。Google広告・Meta広告のアカウント名義と、計測タグの設置先。代理店名義や個人名義になっていると、譲渡の対象から外れます
3. 決済アカウント。決済代行会社との契約は法人単位です。事業譲渡では買い手側での新規審査になり、通過するまで売上金の入金経路が確定しません
4. 独自ドメインとSSL証明書。登録業者での名義変更。メールアドレスがドメインに紐づいている場合は、移管の日程を受注業務と合わせます
5. SNSアカウントと会員リスト。フォロワーは移せますが、顧客の個人データは取得時の同意範囲の中でしか渡せません

2番目が見落とされます。広告アカウントには、過去の配信で蓄積された学習データが入っています。アカウントを新規に開設すると、この学習は引き継げません。獲得単価が一時的に上がる期間が発生し、買い手はその分を価格から差し引きます。

当社（CommerceX M&A）は、広告アカウントとタグが誰の名義かを、価格の話より前に確認します。代理店名義だと、譲渡の対象に入りません。名義が違うだけで、蓄積された配信の学習が引き継げなくなる。買い手はそこを必ず見ます。

事業譲渡は「同意を集める作業」

事業譲渡でディールが壊れる原因の大半は、価格ではなく同意の未取得です。株式譲渡なら要らない同意が、事業譲渡では一件ずつ要ります。

集める同意は主に4種類あります。

• 取引先・仕入先の承継同意。独占販売権やOEMの契約には、支配権が変わったときの条項（チェンジオブコントロール）が入っていることがあります
• 従業員の転籍同意。雇用は自動では移りません。同意は一人ずつで、全員が転籍する保証はありません。有給と勤続年数の通算、退職金債務の負担者を条件として決めます
• 賃貸人の承諾。倉庫・事務所の賃借権を移す場合に必要です
• 許認可の承継または新規取得。健康食品・化粧品・酒類・中古品を扱う場合、業種によって扱いが変わります

これらは最終契約の署名で終わりません。書面で取得することをクロージング前提条件（引き渡しの条件）に書き込み、取得できたことを確認してから引き渡します。

当社は、同意が取れるかどうかを基本合意の段階で打診の状況まで確認します。取れる見込みだけで最終契約に進めば、引き渡し当日に止まる。買い手に不利な情報ほど、当社から先に開示して条件へ書き込みます。

もう一点、事業譲渡には法律上の制限が付きます。会社法第21条は、事業を譲渡した会社は当事者の別段の意思表示がない限り、同一の市町村と隣接する市町村の区域内では、譲渡の日から20年間は同一の事業を行ってはならないと定めています。特約で期間を延ばす場合の上限は30年です。売り手が別ブランドのEC事業を続ける予定なら、この例外を契約で設計します。

事業の全部、または重要な一部（譲り渡す資産の帳簿価額が総資産額の5分の1を超えるもの）の譲渡には、効力発生日の前日までに株主総会の決議が要ります（会社法第467条第1項）。株主が複数いる会社では、決議の日程が全体の日程を規定します。

課税される相手が違う

株式譲渡は株主個人に、事業譲渡は会社に課税されます。同じ1億円でも、届く先と経路が変わります。

株式の譲渡による所得は、他の所得と区分して計算する申告分離課税です。税率は所得税15%と住民税5%の合計20%に、復興特別所得税（基準所得税額の2.1%）が加わり、合計20.315%になります（国税庁タックスアンサー No.1463）。株主が個人であれば、代金は直接その個人に入ります。

事業譲渡では、代金は会社に入ります。譲渡益は会社の益金となり、その期の本業の損益と通算されたうえで法人税の対象です。株主の手元に届けるには、配当か役員退職金という2段目の手続きが要ります。この2段目にも課税されます。

単純な手取りの比較では、株式譲渡が有利になる場面が多くなります。それでも事業譲渡が選ばれるのは、負債を残せること、複数事業のうち1つだけを切り出せること、そして次の見出しの理由があるためです。

赤字のEC事業では事業譲渡が選ばれる

繰越欠損金があれば、事業譲渡の譲渡益に法人税がかからない場合があります。赤字のEC事業で事業譲渡を選ぶ最大の理由がこれです。

青色申告書を提出した事業年度に生じた欠損金は、10年間繰り越せます。中小法人等には控除の限度額がなく、所得の全額から差し引けます（大法人は所得金額の50%まで）。国税庁タックスアンサー No.5762に定めがあります。繰越欠損金が譲渡益を上回れば、法人税は発生しません。

条件は4つです。

1. 青色申告の承認が生きているか（取り消されていると繰り越した欠損金は使えない）
2. 繰越欠損金の残高と発生年度（10年で期限が来る）
3. その期の本業が黒字か赤字か（黒字なら欠損金は本業の利益から先に消える）
4. 役員借入金の債務免除をしていないか（免除益が欠損金を消費している）

「赤字だから税金は出ません」を決算書なしで言うと外します。繰越欠損金を使い切っていて本業も黒字という会社では、譲渡益に満額の法人税がかかります。当社は受託の段階で申告書の別表七を確認します。

なお、繰越欠損金は買い手へ引き継がれません。買い手から見ると税務上の資産が消えるため、価格交渉の材料になります。

赤字事業の売却そのものについては、赤字のEC事業に値段はつくのか ── 債務超過で2億円、営業赤字3億円で3.58億円がついた2つの事例で扱っています。

消費税は、利益が出ていなくても発生する

消費税は利益ではなく取引にかかります。譲渡益がゼロでも、課税資産を売れば発生します。

株式の譲渡は非課税です。有価証券等の譲渡が非課税取引に指定されているためで、株式譲渡の対価に税抜・税込の区別はありません（国税庁タックスアンサー No.6201）。

事業譲渡は資産の売買です。譲渡する資産を課税資産と非課税資産に区分し、対価を合理的に区分します（国税庁 質疑応答事例「営業の譲渡をした場合の対価の額」）。

お金の流れとしては、買い手が対価と消費税を払い、売り手が預かって納め、買い手は仕入税額控除で取り戻します。誰も損をしません。事故が起きるのは時間差です。入金は引き渡しのとき、納付は決算の後。数か月から1年半のあいだ、預かった消費税が売り手の口座に残ります。

当社は売り手へ、この点を価格の話と同じ日に伝えます。2,000万円の事業譲渡なら、入金は2,200万円です。使っていいのは2,000万円だと最初に言い切ります。法人税がゼロだと「税金はかからない」と思い込む方がいて、納付の時期に資金が足りなくなるからです。

契約書で必ず決める点が3つあります。対価が税抜であることの明記（書かないと内税と解釈され、手取りが減ります）、課税資産と非課税資産の区分、そして簡易課税を選ぶかどうかの判定です。簡易課税の選択届出は適用する期が始まる前までに出す必要があるため、譲渡が決まってからでは間に合いません。判定は受託の段階で済ませます。

決める順番

アカウント、範囲、負債、手取り。この順番で確認します。

手順1：アカウントの承継可否を確認する。モール・広告・決済のアカウントについて、事業譲渡で移せるかを規約と手続きで確認します。移せないものがあれば、株式譲渡へ寄せるか、移転の方法を設計するかの判断が先に立ちます。

手順2：切り出す範囲を決める。会社の事業がEC1本なら株式譲渡が素直です。複数事業がある、残したい資産や取引先がある、という場合は事業譲渡が候補になります。

手順3：負債と簿外リスクを確認する。借入・個人保証・未払残業・係争の芽を整理します。ここが重い会社では、買い手が事業譲渡を希望します。

手順4：税引き後の手取りを比較する。株主が個人か法人か、繰越欠損金の残高、資産の構成で結果が変わります。試算は税理士を交えて行い、金額ではなく手取りで比較します。

順番を逆にすると手戻りが起きます。税務の試算から入り、後からアカウントが移せないと判明した場合、前提が変わるので試算をやり直します。

「どちらが得か」は最初の問いではない

得か損かではなく、その形で事業が動き続けるかどうかが最初の問いです。

株式譲渡と事業譲渡の比較記事は、税率の違いで結論を出すものが多くあります。EC事業ではその順番が合いません。アカウントが移らなければ売上が止まり、売上が止まれば価格の前提そのものが崩れるためです。

もう1つ、途中で形が変わることは珍しくありません。買い手の調査で簿外の論点が見つかれば、買い手は事業譲渡を希望します。プラットフォームへ照会した結果、承継の手続きが取れないと分かれば株式譲渡へ戻ります。中小企業庁の「中小M&Aガイドライン（第3版）」（2024年8月）も、譲受側が調査をふまえて判断する手順を求めています。形が変わることは、手順が機能している証拠でもあります。

そして、どちらの形を選んでも変わらないものがあります。在庫の精算方法です。株式譲渡でも事業譲渡でも、在庫は別枠で数えます。詳しくは在庫3,000万円は売却価格に乗るのか ── EC売却で在庫が簿価で通らない理由で扱っています。

この記事のまとめ

• 株式譲渡は包括承継。会社ごと動くので手続きは軽いが、借入と簿外の義務も一緒に移る
• 事業譲渡は個別承継。負債を残せる代わりに、取引先・従業員・アカウントの同意を一件ずつ集める
• EC事業ではモール・広告・決済のアカウントが承継できるかを最初に確認する。広告アカウントは名義と学習データの両方を見る
• 課税される相手が違う。株式譲渡は株主個人に20.315%の申告分離課税、事業譲渡は会社に法人税と、株主へ渡す段階の2回
• 繰越欠損金があれば事業譲渡でも法人税が出ない場合がある。ただし決算書を見ずに判断しない
• 消費税は利益と無関係に発生する。入金額と手取りは違う
• 確認の順番はアカウント、範囲、負債、手取り。税金の比較は最後

よくある質問

Q. どちらのほうが手取りは多くなりますか。

A. 単純比較では株式譲渡が有利になる場面が多くなります。株主個人への20.315%の課税で完結し、消費税もかからないためです。事業譲渡は会社に法人税がかかり、株主が受け取る段階でさらに課税される二段構え。ただし繰越欠損金の残高、株主が個人か法人か、譲渡する資産の構成によって順位は逆転します。結論を出せるのは税理士を交えた個別の試算だけです。

Q. 事業譲渡で、楽天やAmazonの店舗はそのまま引き継げますか。

A. プラットフォームごとに扱いが異なり、規約も改定されます。手続きが用意されている場合でも審査があり、通過までの期間が引き渡しの日程を規定します。移せないと分かった場合の選択肢は、株式譲渡へ切り替えるか、買い手が新規に開設して商品と評価をゼロから立ち上げるかの2つです。後者では売上の落ち込みが価格に反映されます。規約は改定されるため、判断の基礎になるのは売却を決めた時点でプラットフォームへ照会した内容です。

Q. 途中で形を変えることはありますか。

A. あります。買い手の調査で簿外の論点が見つかった場合、買い手は負債を引き継がない事業譲渡を希望します。逆に、アカウントの承継手続きが取れないと分かった場合は株式譲渡へ戻ります。基本合意の前後で見直すことは通常の流れです。形を変える判断が出た時点で、価格の前提と日程も同時に組み直します。

Q. 赤字なので、事業譲渡なら税金はかからないと考えていいですか。

A. 決算書を確認するまで判断できません。繰越欠損金が譲渡益を上回れば法人税は発生しませんが、欠損金を使い切っている、青色申告の承認が取り消されている、その期の本業が黒字である、といった場合には満額かかります。さらに法人税がゼロでも消費税は別に発生します。出発点は申告書の別表七。繰越欠損金の残高と発生年度がそこで分かります。

ご相談ください

この記事の結論は「税金の比較より、アカウントの承継可否が先」でした。確認の順番を守れば、形の選択でやり直しが起きません。

売却をお考えの方へ。当社はEC・コマース事業の企業価値査定を無料で行っています。モール・広告・決済アカウントの名義と承継可否を整理したうえで、株式譲渡と事業譲渡それぞれの手取りを並べてお出しします。繰越欠損金の残高と簡易課税の判定は、受託の段階で確認します。税務の最終判断は提携の税理士と進めます。売る・売らないを決める前の段階からご相談いただけます。

買収をお考えの方へ。当社は売り手側でアカウントの名義と承継可否を先に確認し、打診の段階で開示します。負債を引き継がない形を希望されるか、アカウントごと引き継ぐ形を希望されるかをお聞かせいただければ、条件に合う売り手が現れた段階でご連絡します。

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出典

• 株式等の譲渡に対する課税（申告分離課税・所得税15%・住民税5%・復興特別所得税2.1%）：国税庁タックスアンサー No.1463「株式等を譲渡したときの課税（申告分離課税）」（令和7年4月1日現在法令等）。2026年9月4日確認
• 消費税の非課税取引（有価証券等の譲渡・土地の譲渡）：国税庁タックスアンサー No.6201「非課税となる取引」（令和7年4月1日現在法令等）。2026年9月4日確認
• 事業譲渡における課税資産と非課税資産の区分：国税庁 質疑応答事例（消費税）「営業の譲渡をした場合の対価の額」。2026年9月4日確認
• 欠損金の繰越控除（繰越期間10年・中小法人等の控除限度・大法人は所得金額の50%）：国税庁タックスアンサー No.5762「青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越控除」（令和7年4月1日現在法令等）。2026年9月4日確認
• 譲渡会社の競業の禁止（同一・隣接市町村で20年、特約は30年まで）：会社法第21条。2026年9月4日確認
• 事業譲渡の株主総会決議（事業の全部、または帳簿価額が総資産額の5分の1を超える重要な一部）：会社法第467条第1項。2026年9月4日確認
• 譲受側の調査とバリュエーションの手順：中小企業庁「中小M&Aガイドライン（第3版）」（2024年8月）
• 中小M&Aの譲渡側件数・業種別内訳：中小企業庁「登録支援機関を通じた中小M&Aの集計結果」2024年度。2026年8月30日確認
• アカウント承継の確認項目・同意のクロージング前提条件化：当社のEC・D2C売却支援における実務基準

（本記事は一般的な解説です。税務・法務の個別判断は税理士・弁護士にご相談ください。個別の税額試算は行っていません）